尖锐湿疣的治疗大体上分为药物治疗和物理治疗（激光、冷冻、微波），药物治疗适用于比较小的疣体，一般应小于黄豆大小，大于蚕豆的疣体如使用物治疗，则治疗时间较长，患者多不愿接受。

疣体比较小的尖锐湿疣（尤其是疣体数目较多的情况）采使用物治疗比物理治疗具有很大的优势（这里所提到的药物治疗专指药性温和、无腐蚀性的药物），这种优势体现在以下几个方面：

1、药物治疗给患者带来的痛苦要比物理治疗小一些。物理治疗在临床上用得较多的为激光治疗，激光治疗术前要注射麻药，治疗时用高能激光束烧焦疣体，使其碳化，数天后焦化疣体脱落。因外阴部神经丰富，患者通常要忍受比较强烈的疼痛；相对于激光治疗，药物治疗所带来的痛苦要小得多，大多为轻微的不适感，有些患者会在上药时感到疼痛和发痒的感觉，通常比较轻微。

2、药物治疗后发生感染、留疤痕的可能性要比物理治疗小。而发生感染则容易引起下一次尖锐湿疣复发，这也是物理治疗容易复发的一个原因。

3、药物治疗恢复时间短。物理治疗从治疗开始——创面完全愈合——创面处皮肤恢复正常，整个过程约需要20天左右，而药物治疗整个过程只需要几天时间。药物治疗对皮肤的损伤要小一些，疣体脱落后创面恢复时间短，一般只须1-3天。治疗后创面恢复时间越长，说明所受损伤越严重。

4、药物治疗在去除疣体以后，还可以治疗疣体周围的病毒感染即尖锐湿疣亚临床感染，有效抑制尖锐湿疣复发。激光治疗方法虽然理论上可以用浅表凝固法治疗亚临床感染，但在实际临床中却很难开展这项工作，因为可能会因操作不当给患者造成广泛糜烂，故多数医院不愿冒此风险。 以上谈到的是药物治疗一些优点，但这些都是建立在正确的使用方法基础上，如某些患者治疗心切急于求成，擅自加大涂药量，则可能造成不应有的副作用。如果对药物性质不了解，购买了腐蚀性治疗药物，更可能烧伤皮肤粘膜，留下疤痕，并且容易反复复发。