在温暖潮湿的环境下病毒更容易繁殖，因此他们好发于泌尿器和肛门。病毒可自身接种，因此肛门等部位的损害常出现于两侧接触面。

尖锐湿疣的临床表现多种多样，在皮肤粘膜的干燥部位损害常表现为小而扁平状，而在温热、湿润部位者常呈丝状或乳突瘤状。初发时为少数微小淡红色丘疹，渐渐增大及增多，表面凹凸不平，湿润而柔软，呈乳头样、蕈样或融合成大团呈菜花样突起，红色或污灰色。疣体根部常有蒂，易发生糜烂、渗液，触之易出血，皮损裂隙中常有混浊浆液或脓性分泌物，散发恶臭，有痒感，常因搔抓而继发细菌感染。

有的女性尖锐湿疣患者从外阴至、宫颈等处都长满了一片毛棘或很多突起像鸡冠花。发生在直肠内的湿疣可引起里急后重。

由于局部潮湿和不断受到刺激，疣体增长迅速，成为巨大湿疣，可向深部穿透，产生很多瘘管通向尿道，或经数年恶变为癌。近年来的大量研究已进一步证明：人乳头瘤病毒与某些恶性肿瘤发生有一定关系。外阴、阴茎或肛周的尖锐湿疣可以转化为鳞状细胞癌。这种转化通常要经过5—40年。

有学者报告：4.7%—10.2%宫颈尖锐湿疣，5%的外阴及肛周湿疣可变为原位癌或浸润性癌。

男性患尖锐湿疣常见于冠状沟、包皮、龟头、系带及尿道口，有时可见于阴茎体及周围皮肤，但很少长于阴囊。男性同性恋者可长在肛周。女性特别多见于阴蒂、阴唇、阴道、肛周及宫颈。孕妇患尖锐湿疣可使婴儿发生喉头疣及喉部乳头状瘤。即使母体感染后无症状，病毒也可通过血液或胎盘传播给胎儿，此类妇女以做术为妥。