经治疗后尖锐湿疣复发率比较高，有的甚至高达40%左右。疣病的治疗，西医多采用手术、激光、冷冻、抗病毒药物、腐蚀剂或消毒剂，免疫及干扰素疗法，有时采用多种疗法综合治疗，但效果不理想，虽能强行把疣体除掉，而对于病毒却无可奈何，尖锐湿疣复发任然很高。且有部分疗法对人体造成副作用较大。目前医学界尚有争议。故此可以讲西医对此病可以说没有特效疗法，解数以尽。

尖锐湿疣复发原因是：1、对于病人来说，感染HPV可能存在有3种不同的状态，即肉眼可见向外生长的疣组织；肉眼不能见，只能在显微镜下才能见到有病变的亚临床感染；尚未出现病变，但组织表面携带有病毒，只能用分子杂交技术如多聚酶链反应法才能测出病毒。临床治疗时，医生只能清除掉肉眼能看见的那部分疣组织，对于后两种是无法去除的。而肉眼能见的疣体仅是所有HPV感染中的一小部分，其他HPV感染状态在治疗后的一段时间里发展成肉眼能见的疣组织。2、尖锐湿疣的病变过程主要发生在上皮组织内，病毒也只局限于上皮组织层内，人体皮肤粘膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔，真皮内免疫系统不能与表皮内HPV病毒颗粒接触而建立起有效的免疫应答反应，因而使得不少尖锐湿疣久治不愈。3、再感染。夫妻一方治愈了，而另一方是亚临床感染或病毒携带者，通过性生活又可被传染上，医学上叫做“打乒乓球”状态，导致反复感染。所以在治疗上应注意： 1、尽量要与配偶或有关性伴侣一起检查和治疗；2、采用联合治疗的方法，如激光治疗后，继以药物治疗，或冷冻治疗后，继以干扰素治疗；3、要认识到尖锐湿疣感染无终生免疫能力，即使治愈后，以后还会再感染。所以，一定要洁身自爱，不乱搞性关系。4、少数在治疗后3～6个月内复发，是在情理之中，可再治疗一次，一般都能治愈的 。

婚姻状况也与尖锐湿疣复发和发病有关，男性离婚，夫妻分居，丧偶和未婚者，夫妻生活不协调者，由于增加了高危性行为，复发机率也增多。性生活中选择避孕措施不当也此病的发病和复发机会。如男性时带时不带安全套，女性应用屏障避孕（安全套，避孕膜，宫颈帽）和口服避孕药，则增加自身尖锐湿疣发病和复发的机会。吸烟和饮酒是多种发病和复发的危险因素。因为吸烟和饮酒能降低人体的免疫功能，而且吸烟和饮酒者要比不吸烟和饮酒者的性伴多。有人调查发现吸烟超过十年者明显增加了尖锐湿疣的复发机会。而且，酒精能抑制中枢神经系统，减轻焦虑，增强性欲及卖淫行为，使性伴增多，同时，酒后避孕套的使用减少，暴力性性行为增多，器损伤的机会和程度增加，增加了尖锐湿疣复发和发病。