射精疼痛的病因复杂并且没有办法一一的明确。但是较常见的临床分类是把它分为精神心理因素与器质性因素，它表现为射精时发生在阴茎、尿道、会阴或下腹部等部位的局部灼痛、牵引痛和剧痛。

这类性交中或性交后的疼痛刺激常导致男子在性生活时精神不能集中，甚至无法进行正常性交。

归纳起来，射精疼痛的原因有以下几点：

1、尿路及性器官感染男性下尿路感杂是导致射精疼痛的较常见原因，包括、膀胱炎、炎等。这些感染可引起局部组织充血肿胀，痛阈降低。射精时的一系列节律性收缩对炎症病灶是一种机械性刺激，常伴随射精动作出现剧烈疼痛。

另外，和也会造成射精疼痛，这是由于除了它们本身病变引起的疼痛外，加之分泌液和精子排入输精管，越发会使疼痛加剧所致。有的患者会发生疼痛性遗精。

2、尿路结石男性尿路结石是常见的疾病，下尿路的膀胱结石以及输尿管结石均可导致射精疼痛。这是因为结石是一种硬性异物，射精时局部软组织的收缩、蠕动，挤压结石而产生疼痛。严重的尿路结石可继发感染，使疼痛更加重。

3、恶性肿瘤男性泌尿器官的恶性肿瘤多会引起射精疼痛。如睾丸、附睾发生肿瘤时，性活动产生的压力以及睾丸的转动、抬高均可引起疼痛，不过其疼痛性质较为缓和，多呈隐痛或酸痛。前列腺、精囊、输精管等处发生肿瘤的机会虽然不多，但病变的进展过程多为隐匿性，此类疼痛应是引起重视的"报警信号"。

除上面描述的几点原因之外，　男性的泌尿系结核、尿道息肉、阴茎硬结症等疾病也会造成射精疼痛，如果在性生活中动作过于猛烈、性生活过频也会使得性腺过度工作，引起疼痛。