患慢性时淋病双球菌沿男性尿道向后侵入后尿道的球部、膜部及部，从而引起这些部位的慢性炎症，其状态也极不一致，通常多无特殊症状，仅在患者抵抗力减低时（例如腹泻、高热、酗酒或过度疲劳等），始可产生症状。 

排尿时有轻的尿道灼热感、刺痛、瘙痒或尿意迫切感，有时感到前列腺区剧痛，尿道分泌物无明显增多，只在清晨起床时才看到尿道口有“糊口”现象。用手指压迫尿道深处，可见有少量稀薄粘液流出。

慢性淋病大多数为急性淋病转变而来，通常表现为尿道炎症状反复发作。常见如下症状：
 

1、轻微，排尿时仅感到尿道灼热或轻度刺痛，常可见终末血尿。尿液一般透明，但可见淋菌丝浮游于其中。

2、病人多伴有腰痛、会阴部坠胀感，夜间遗精、精液带血。
 

3、男性淋病常可并发尿道腺炎、尿道周围组织炎和脓肿、包皮腺炎、输精管炎、、副睾炎、鞘膜积液、睾内炎、、龟头包皮炎、淋菌性溃疡等。

4、排尿困难、尿线细弱、射程短，甚至尿潴留。副睾炎多见于治疗不及时者，常突然感到副睾疼痛、肿大、压痛、发热。此外还可出现性欲减退、勃起不坚、、及神经衰弱等症状。若两侧，常引起附睾管及输精管闭塞而导致不育。

5、慢性淋菌性尿道炎治疗较困难。