非淋菌性尿道炎是指尿道感染了除淋球菌以外的病原体引起的炎症。在临床上，由于患者未能及时、规则地治疗，使得本病缠绵难愈。发生在男性身上的话，有可能产生下列并发症：

①附睾-睾丸炎：

临床可见附睾及睾丸肿大，触之发硬且疼痛明显，阴囊水肿，输精管变粗，抽取水肿之液体可分离出病原体。这是男性非淋球菌性尿道炎的主要并发症，其常与尿道炎同时存在。

②前列腺炎：

非淋菌性前列腺炎是常见、复杂而又难治的并发症，有急、慢性之分，但大多数表现为慢性过程，如后尿道、会阴、肛门等部位坠胀、钝痛感，尚可放射到横膈以下各部，从而亦可产生性功能障碍。直肠指检可触及肿大、压痛的前列腺；前列腺按摩液内无淋球菌、WBC5/HP以上。

③ Reiter 综合征：

即关节炎、结膜炎、尿道炎三联征。极少数病人伴有，患者为血清HLA—B27 单倍型抗原遗传倾向者，为非淋菌性尿道炎的部分合并症，可能还与遗传因素或自身免疫有关。

④其它如眼色素膜炎、强直性脊柱炎则相对较为少见。